ويقع على بعد 3 كم شمال الدير الأبيض واستخدم في بنائه الطوب الأحمر، و فهو يشبه الدير الأبيض إلى حد بعيد وأطلق عليه هذا الاسم لآن مبانيه مشيده من الطوب الأحمر ويتميز الدير بأبواب غاية في الروعة والإتقان وعليها نقوش ما يشبه أوراق الأشجار والبعض الآخر نجوم والبعض الآخر أشكال هندسية جميلة يتخللها رسم الصليب في أجزاءها.
وجدير بالذكر أن مفتاحا الديرين الأبيض والأحمر مصنوعان من الحديد والبرونز والفضة وطول المفتاح الأول 44سم وعليه بالقبطية اسم القديس الأنبا شنودة وطول الآخر 35سم بنقوش وتصميم غاية في الروعة وهما الآن بالمتحف المصري . وتوجد بالدير كنيسة للسيدة العذراء بها هيكل واحد وبمدخل الدير يوجد القصر الذي بنته الملكة هيلانه.