من أهم المساجد الأثرية بمدينة أخميم ويقع علي الجانب الشمالي لشارع الأمير حسن ويطل بواجهته الشمالية علي شارع المدرسة وقد أنشأه الأمير حسن بن الأمير محمد سنة 1117 هجرياً وأنتهي من إنشاءه سنة 1121 هجرياً ، كما أنشأ له ضريحا ملاصقا له في الجهة الشرقية. ويمتاز هذا المسجد باستخدام أعمدة خشبية تحمل سقفه ، وهو أمر لم يري له مثيلا في مساجد الصعيد ، وندر في مساجد مصر بصفه عامة ، كما أن هذا المسجد يشتمل علي الكثير من العناصر المعمارية والزخرفية والهندسية والكتابية ،  والأعمال الخشبية مما يكسبه أهمية أثرية خاصة ، ويعد نموذجا جيدا للتراث المحلي في العمارة الدينية العثمانية. وقد توفي الأمير حسن سنة 1132هجريا ، و دفن بالضريح بالجهة الشرقية من المسجد.